У добутку — дві сюжетні лінії, кожна з яких розвивається самостійно. Дія першої розвертається в Москві протягом декількох травневих днів (днів весняної повні) в 30-х рр. нашого століття, дія ж другий відбувається теж у травні, але в місті Ершалаиме (Єрусалимі) майже дві тисячі років тому — на самому початку нової ери. Роман побудований таким чином, що глави основної сюжетної лінії перемежовуються главами, що становлять другу сюжетну лінію, причому ці вставні глави є те главами з роману майстра, то оповіданням очевидця подій Воланда.
В один з жарких травневих днів у Москві з’являється хтось Воланд, що видає себе за фахівця із чорної магії, а насправді є сатаною. Його супроводжує дивна звита: гарненька відьма Гелла, розв’язний тип Коровьев або Фагот, похмурий і лиховісний Азазелло й веселий товстун Бегемот, що по більшій частині з’являється перед читачем в обличчя чорного кота неймовірних розмірів
Першими зустрічаються з Воландом на Патріарших ставках редактор товстого художнього журналу Михайло Олександрович Берліоз і поет Іван Бездомний, що написав антирелігійну поему про Ісус Христі. Воланд втручається в їхню розмову, затверджуючи, що Христос існував у дійсності. Як доказ того, що є щось, непідвласне людині, Воланд пророкує Берліозові страшну смерть під колісьми трамвая. На очах враженого Івана Берліоз відразу попадає під трамвай, Іван безуспішно намагається переслідувати Воланда, а потім, з’явившись у Массолит (Московська Літературна Асоціація), так заплутано викладає послідовність подій, що його відвозять у заміську психіатричну клініку професора Стравінського, де він і зустрічає головного героя роману — майстра
Воланд, з’явившись у квартиру № 50 будинку 302-біс по Садовій вулиці, що покійний Берліоз займав разом з директором театру Вар’єте Степаном Лиходеевим, і знайшовши останнього в стані тяжкого похмілля, пред’являє йому підписаний їм же, Лиходеевим, контракт на виступ Воланда в театрі, а потім випроваживает його ладь із квартири, і Степу незрозумілим образом виявляється Вялте.
До Никанора Івановичу Босому, голові житлового товариства будинку № 302-біс, є Коровьев і просить здати Воланду квартиру № 50, тому що Берліоз загинув, а Лиходіїв у Ялті. Никанор Іванович після довгих угод погоджується й одержує від Коровьева понад плату, обумовленої договором, 400 рублів, які ховає у вентиляції. У той же день до Никанора Івановичу приходять із ордером на арешт за зберігання валюти, тому що ці рублі перетворилися в долари. Приголомшений Никанор Іванович попадає в ту ж клініку професора Стравінського
У цей час финдиректор Вар’єте Римський і адміністратор Варенуха безуспішно намагаються розшукати по телефоні зниклого Лиходеева й дивуються, одержуючи від нього одну за іншої телеграми з Ялти із проханням вислати грошей і підтвердити його особистість, тому що він занедбаний у Ялту гіпнотизером Воландом. Вирішивши, що це — дурний жарт Лиходеева, Римський, зібравши телеграми, посилає Варенуху віднести їх «куди треба», однак Варенухе зробити цього не вдається: Азазелло й Коровьев, підхопивши його під руки, доставляють Варенуху у квартиру № 50, а від поцілунку нагой відьми Гелли Варенуха втрачає почуттів
Увечері на сцені театру Вар’єте починається подання за участю великого мага Воланда і його звиті, Фагот пострілом з пістолета викликає в театрі грошовий дощ, і весь зал ловить падаючі червінці. Потім на сцені відкривається «дамський магазин», де будь-яка жінка із числа сидячих у залі може безкоштовно одягтися від голови до ніг. Відразу в магазин вибудовується черга, однак по закінченні подання червінці перетворюються в папірці, а всі, придбане в «дамському магазині», зникає без сліду, змусивши довірливих жінок метатися по вулицях в одній білизні
Після спектаклю Римський затримується в себе в кабінеті, і до нього є перетворений поцілунком Гелли у вампіра Варенуха. Побачивши, що той не відкидає тінь, смертельно наляканий, миттєво посивілий Римський на таксі мчиться на вокзал і кур’єрський поїзд їде Вленинград.
Тим часом Іван Бездомний, познайомившись із майстром, розповідає йому про те, як він зустрівся з дивним іноземцем, що погубив Мишу Берліоза; майстер пояснює Іванові, що зустрівся він на Патріарші із сатаною, і розповідає Іванові про себе. Майстром його називала його кохана Маргарита. Будучи істориком по утворенню, він працював в одному з музеїв, як раптом зненацька виграв величезну суму — сто тисяч рублів. Він залишив роботу в музеї, зняв дві кімнати в маленькому будиночку в одному з арбатских провулків і почав писати роман про Понтія Пілаті. Роман уже був майже закінчений, коли він випадково зустрів на вулиці Маргариту, і любов уразила їх обох миттєво. Маргарита була замужем за гідною людиною, жила з ним в особняку на Арбаті, але не любила його. Щодня вона приходила до майстра, роман наближався до кінця, і вони були щасливі. Нарешті роман був дописаний, і майстер відніс його в журнал, але надрукувати його там відмовилися, однак у газетах з’явилося кілька розгромних статей про роман, підписаних критиками Ариманом, Латунским і Лавровичем. І отут майстер відчув, що занедужує. Один раз уночі він кинув роман у піч, але що прибігла стривожена Маргарита вихопила з вогню останню пачку аркушів. Вона пішла, несучи рукопис із собою, щоб гідно попрощатися із чоловіком і ранком повернутися до улюбленого назавжди, однак через чверть години після її відходу до нього у вікно постукали — розповідаючи Іванові свою історію, у цьому місці він знижує голос до шепоту, — і от через кілька місяців, зимовою ніччю, придя до себе додому, він виявив свої кімнати зайнятими й відправився в нову заміську клініку, де й живе вже четвертий місяць, без ім’я й прізвища, просто — хворий з кімнати № 118.
У цей ранок Маргарита прокидається з відчуттям, щось повинне відбутися. Утираючи сльози, вона перебирає аркуші обгорілого рукопису, розглядає фотографію майстра, а після відправляється на прогулянку в Александровский сад. Тут до неї підсаджується Азазелло й передає їй запрошення Воланда — їй приділяється роль королеви на щорічному балі в сатани. Увечері того ж дня Маргарита, роздягнувшись донага, натирає тіло кремом, що дав їй Азазелло, стає невидимої й вилітає у вікно. Пролітаючи повз письменницький будинок, Маргарита влаштовує розгром у квартирі критика Латунского, на її думку майстра, що погубив. Потім Маргариту зустрічає Азазелло й приводить її у квартиру № 50, де вона знайомиться з Воландом і іншими членами його звиті
Опівночі починається весняний бал повні — великий бал у сатани, на який запрошені донощики, кати, розбещувачі, убивці — злочинці всіх часів і народів; чоловіки є у фраках, жінки — оголеними. Протягом декількох годин нагая Маргарита привітає гостей, підставляючи коліно для поцілунку. Нарешті бал закінчений, і Воланд запитує в Маргарити, що вона хоче в нагороду за те, що була в нього господаркою балу. І Маргарита просить негайно повернути їй майстри. Відразу з’являється майстер у лікарняному одіянні, і Маргарита, порадившись із ним, просить Воланда повернути їх у маленький будиночок на Арбаті, де вони були щасливі
Тим часом одна московська установа починає цікавитися дивними подіями, що відбуваються в місті, і всі вони вибудовуються в логічно ясне ціле: і таємничий іноземець Івана Бездомного, і сеанс чорної магії у Вар’єте, і долари Никанора Івановича, і зникнення Римського й Лиходеева. Стає ясно, що все це робота однієї й тої ж зграї, очолюваної таємничим магом, і всі сліди цієї зграї ведуть у квартиру № 50.
Звернемося тепер до другої сюжетної лінії роману. У палаці Ірода Великого прокуратор Іудеї Понтій Пілат допитує арештованого Иешуа Га-Ноцри, якому Синедріон виніли смертний вирок за образу влади кесаря, і вирок цей спрямований на твердження до Пілата. Допитуючи арештованого, Пілат розуміє, що перед ним не розбійник, що підбурював народ до непокори, а бродячий філософ, що проповідує царство істини й справедливості. Однак римський прокуратор не може відпустити людини, якого обвинувачують у злочині проти кесаря, і затверджує смертний вирок. Потім він звертається до первосвященика іудейському Каифе, що на честь наступаючого свята Великодня може відпустити на волю одного із чотирьох засуджених на страту злочинців; Пілат просить, щоб це був Га-Ноцри. Однак Каифа йому відмовляє й відпускає розбійника Вар-Раввана. На вершині Лисої гори коштують три хрести, на яких розп’яті засуджені. Після того, як юрба зевак, що супроводжувала процесію до місця страти, повернулася в місто, на Лисій горі залишається тільки учень Иешуа Левий Матвій, що був збирач податей. Кат заколює змучених засуджених, і на гору обрушується раптова злива