Современников поражала энциклопедическая образованность и глубина познаний Чернышевского. Он глубоко понимал связь философии с жизнью общества.
Как и его предшественники, Белинский и Герцен, Чернышевский внимательно изучал философию Гегеля.
Чернышевский был Социалистом-утопистом. Он не видел и не мог в 60-х годах прошлого века видеть, что только развитие коммунизма и пролетариата способно создать материальные условия и общественную силу для осуществления социализма. Планы социалистических преобразований носили у него Утопический Характер. Он считал возможным, что Россия минует капиталистическое развитие и после революции перейдет к социализму через крестьянскую общину.
Беспощадное разоблачение либералов как предателей народа занимало существенное место в его борьбе. Либералы и крепостники внушали царскому правительству, что все беспорядки в стране – плод влияния великого писателя.
Реакционер Катков в «Русском вестнике» начал целый поход против Чернышевского, открыто требуя для него сурового наказания. В 1861 году была установлена слежка за писателем. Он имел возможность скрыться за границей от преследования, но он остался в России. И 7 июля 1862 года Чернышевский был арестован и по личному распоряжению Александра II заключен в Петропавловской крепости, куда бросали самых опасных врагов царизма. Там в одиночной камере он просидел почти 2 года, дожидаясь судебного разбирательства, так как никакими юридическими доказательствами следственная комиссия не располагала.
Однако нашелся лжесвидетель. Им оказался Всеволод Костомаров, который проходил по делу о первой вольной типографии. Костомаров принял на себя обязательство предъявить письменное доказательство виновности Чернышевского. А жандармы III отделения обязывались в уплату за оказанные услуги ходатайствовать перед царем для предателя помилование и денежную награду в виде пожизненной пенсии для его матери в размере 1500 рублей и единовременного пособия ему самому в сумме 500 рублей. Обе стороны точно выполнили свои обязательства. Костомаров представил комиссии два подложных письма, якобы написанных Чернышевским. В одном заключалась просьба о замене в печатаемой прокламации «Барским крестьянам» одних слов другими. Другое письмо на имя Плещеева содержало указание на якобы существовавшую связь Чернышевского с подпольной типографией, где печаталось воззвание «Барским крестьянам».
«Дело» Чернышевского явилось едва ли не самым ярким показателем того, во что могло превратиться царское «правосудие». Чернышевский возмущался, что его содержат в крепости при полном отсутствии юридических доказательств виновности. В виде протеста он объявил голодовку – 9 дней.
Однако Чернышевский не терял бодрости духа и не прекращал литературной работы. За 678 дней заточения он написал 205 печатных листков. Здесь же был написан роман «Что делать?» и послан в редакцию «Современника» через коменданта крепости.
Царскому правительству надо было поскорее расправиться с Чернышевским. Он был приговорен за «злоумышление к ниспровержению существующего порядка и за «воззвание к «Барским крестьянам» к лишению всех прав состояния и к ссылке в каторжные работы в рудниках на 14 лет с последующим поселением в Сибири навсегда. Александра II приговор утвердил, но лицемерно сократил срок каторжных работ вполовину, что, однако, не помешало продержать Чернышевского на каторге и в ссылке свыше 20 лет.
В довершении всего перед отправкой в Сибирь над осужденным был совершен обряд публичной казни. Варварским обрядом царское правительство хотело оскорбить и унизить великого человека, но подлая затея обернулась против устроителей и превратилась в чествование писателя-революционера.
Публичная казнь была назначена на 19 мая 1864 года на Мытнинской площади в Петербурге. Несмотря на ранние часы и сильный дождь, на площади собралось много простого народа и демократической интеллигенции, с жадностью следивших за процессом следствия и суда над писателем.
Чернышевский был возведен на эшафот, построенный посредине площади и представлявший собой деревянный помост высотой полтора-два аршина, выкрашенный в черную краску. Палач тут же надел ему на шею деревянную доску с надписью «Государственный преступник». Затем чиновник прочитал приговор. Чернышевский держал себя с достоинством и мужеством.
После чтения приговора Чернышевский был выставлен к позорному столбу на четверть часа в цепях. Из толпы на эшафот был брошен букет цветов.
Далее палач снял с осужденного цепь, грубо сорвал шапку, поставил писателя на колени и сломал над его головой шпагу, бросив обломки ее в разные стороны – знак лишения всех прав состояния.
Сдержанное напряжение присутствующих прорвалось наружу, когда карета повезла Чернышевского обратно в крепость.
На следующий день, 20 мая, воспользовавшись вечерней темнотой, жандармские власти с соблюдением всех предосторожностей отправили пленника в Сибирь.
Через 2 месяца Чернышевский был доставлен на Нерчинские рудники. Его поселили на границе с Монголией, в Кадае, в небольшом холодном домике.
Несмотря на тяжелый режим, Чернышевский не терял бодрости духа и напряженно вел свои литературные работы.
После покушения Каракозова на Александра II 4 апреля 1866 года правительство, напуганное слухами о попытках освободить великого революционера приказало перевести Чернышевского подальше от границы, и он был переведен в Александровский завод, где сдружился со многими политическими заключенными.
В Александровском заводе усиленно работал над Романом «Пролог». Там же он написал Повесть «История одной девушки», роман «Рассказы из Белого зала» и небольшие Пьесы – «Мастерица варить кашу», «Драма без завязки». Роман «Рассказы из Белого зала» был уничтожен самим писателем накануне обыска.
По отбытии срока каторжных работ в 1870 году Чернышевский имел право на поселение. Но правительство опасалось его огромного влияния на передовую часть русского общества и боялось побега писателя из Сибири. Действительно, в Петербурге и Москве проводились сборы денег для побега узника из Сибири.
Правительство решило подыскать новое более подходящее место для заточения Чернышевского. 7 декабря 1871 года в сопровождении конвоя Чернышевский был отправлен в Вилюйск, где содержался в остроге в полутемной сырой одиночной камере. Был лишен общения, ему запретили заниматься литературным трудом. Только переписка с родными поддерживала его дух.
После 20 лет заточения, в 1883 году Чернышевский прибыл в Астрахань, где прожил 6 лет под полицейским надзором.
После длительных хлопот родственников Чернышевский получил разрешение вернуться в Саратов. Чернышевский не терял надежды заняться литературной деятельностью.
Но в ночь на 17 октября скончался от кровоизлияния в мозг.