Сюжет романа взят из эпохи религиозных войн, борьбы католиков с гугенотами в XVI в.
В центре романа, события 24 августа 1572 года. Кульминационный момент развития этого романа «Варфоломеевская ночь», страшная резня гугенотов учиненная католиками. «Хроника царствования Карла IX» одно из наиболее глубоких проявлений убежденного антикатолизма Мериме. Главные действующие лица: один Бернар – гугенот и Жорж – католик, они любят друг — друга, но в итоге брат убивает брата.