Змушений працювати в стіл, Булгаков всі сили душі віддав роману «Майстер і Маргарита», надрукувати який він, на жаль, теж не мав ніякої надії. «Майстер і Маргарита», безсумнівно, саме геніального й самого неоднозначне із всього творів Булгакова, у якому, як ні в якому іншому радянському романі, розкритий суперечливий і трагічний дух тоталітарної епохи. Булгаков писав його в розгул репресій, коли один за іншим минулого повалені, виключені з партії, втратилися своїх постів або були розстріляні багато хто його колишні вороги: літературні чиновники, записні партійні критики й керівники культури — всі ті, хто хулив і труїв його довгі роки. Він стежив за цією диявольською вакханалією з майже містичним почуттям, що і знайшло відбиття в романі. Головним героєм його, як відомо, є сатана, що діє під ім’ям Воланд. З’явившись у Москві, Воланд обрушує всю свою диявольську силу на владу імущих, що творять беззаконня. Він розправляється й з гонителями великого письменника — Майстра, життя якого має безліч паралелей із самим Булгаковим (хоча повністю ототожнювати Булгакова з Майстром було б все-таки занадто прямолінійно). Неважко, таким чином, зрозуміти, хто стояв за образом Воланда.
Філолофсько-релігійна концепція роману дуже складна й ще до кінця не розгадана. Сам Булгаков був людиною далеким від ортодоксального православ’я. Бог, видимо, представлявся йому чимсь начебто загального закону або неминучого ходу подій. У створенні образа Христа (у романі він виступає під ім’ям Иешуа Га-Ноцри) Булгаков свідомо керувався апокрифічними джерелами, а Євангелія відкидав як помилкові. У романі Майстра про Понтія Пілаті є суд, страта й поховання Иешуа, але немає його воскресіння. Немає Богородиці; сам Иешуа не нащадок знатного єврейського роду, як у Євангелії, — він бідний сирієць, що не знає свого споріднення й не пам’ятає своїх батьків. Ніхто не розуміє Иешуа з його навчанням, що «злих людей немає на світі», навіть його єдиний апостол Левий Матвій. Його спроба розбудити в людях їх споконвічну добру природу викликає лише загальне озлоблення. Тільки Воланд розуміє Иешуа, але не вірить у можливість твердого звертання людей до добра. Чи вірить у це сам Булгаков? Аж ніяк не в новозавітному трактуванні представлений сам диявол, що більше схожий на старозавітного сатану із книги Іова. У романі Булгакова Воланд — справжній «князь миру цього». Немає навіть натяку на якесь суперництво його в цьому змісті із Христом. У ньому уособлена та сила, що «вічно хоче зла й вічно робить благо». І справді, Воланд у романі наказует явних безбожників, його підручні змушують платити по рахунках шахраїв, ошуканців і інших негідників, протягом роману вони не раз творять «праведний суд» і навіть «добро». І все-таки Воланд залишається дияволом, демоном зла, що не хоче й не може дати людям благодаті. Зацькованою, зломленою несправедливою радянською критикою й життєвими негодами, Майстер знаходить у ньому свого рятівника. Але він одержує від диявола не світло, не відновлення, а тільки вічний спокій у потойбічному передчасному світі
Виконаний глибокого філософського смутку фінал роману був чимсь схожий з кінцем самого автора
Смертельна недуга Михайла Булгакова
В 1939 р. у Булгакова відкрилася смертельна недуга — нефросклероз. В останній рік життя він написав до ювілею Сталіна п’єсу «Батум» про революційну діяльність молодого вождя. Говорять, що Сталін, ознайомившись із п’єсою, знайшов її гарної, але не дозволив не ставити, не публікувати. Ця холодна заборона важко вразила письменника. Стан його різко погіршилося. В останні місяці життя він осліп. У березні 1940 р. Булгаков помер